Package: estscan (3.0.3-6 and others)

[ Source: estscan  ]

strumento per rilevare sequenze di DNA codificante indipendente da ORF

ESTScan è un programma che può identificare le regioni codificanti in sequenze di DNA, anche se sono di bassa qualità. ESTScan inoltre identifica e corregge errori di sequenziamento che non portano a scostamento di frame. ESTScan non è un programma per predizione di geni, né è un rilevatore di finestre di lettura. Di fatti la sua forza è nel fatto che non richiede una finestra di lettura per rilevare una regione codificante. Come risultato, il programma può mancare alcuni aminoacidi tradotti al terminale N o C, ma rileva le regioni codificanti con alta selettività e sensibilità.

ESTScan sfrutta l'uso non uniforme di esanucleotidi trovato nelle regioni codificanti rispetto alle non codificanti. Questa differenza è formalizzata in un modello di Markov nascosto (HMM) non omogeneo di quinto ordine e periodo 3. In aggiunta, l'HMM di ESTScan è stato esteso per permettere inserzioni e delezioni quando queste migliorano le statistiche della regione codificante.

Other Packages Related to estscan

• dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, ia64, riscv64, sh4]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  libreria runtime per applicazioni GNU Fortran

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	3.0.3-6	56.1 kB	257.0 kB	[list of files]
amd64	3.0.3-6	52.5 kB	257.0 kB	[list of files]
arm64	3.0.3-6	50.9 kB	241.0 kB	[list of files]
armel	3.0.3-6	51.4 kB	237.0 kB	[list of files]
armhf	3.0.3-6	49.6 kB	221.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	3.0.3-6	53.1 kB	241.0 kB	[list of files]
i386	3.0.3-6	52.7 kB	253.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	3.0.3-6	61.7 kB	287.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	3.0.3-6	49.9 kB	237.0 kB	[list of files]
mips64el	3.0.3-6	53.6 kB	256.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	3.0.3-6	55.2 kB	433.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.0.3-6	54.8 kB	433.0 kB	[list of files]
riscv64	3.0.3-6+b1	52.0 kB	234.0 kB	[list of files]
s390x	3.0.3-6	51.9 kB	245.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	3.0.3-6	54.8 kB	225.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	3.0.3-6	51.0 kB	258.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	3.0.3-6	51.4 kB	249.0 kB	[list of files]