Package: augustus (3.5.0+dfsg-5 and others)

[ Source: augustus  ]

predizione di geni in genomi di eucarioti

AUGUSTUS è un software per la predizione di geni in sequenze genomiche di eucarioti che è basato su un modello di Markov nascosto (HMM) generalizzato, un modello probabilistico di una sequenza e della sua struttura di geni. Dopo aver appreso le strutture dei geni da una annotazione di riferimento, AUGUSTUS usa l'HMM per riconoscere i geni in una nuova sequenza e la annota con le regioni di geni identificati. Suggerimenti esterni, es. dal sequenziamento di RNA, EST o allineamenti di proteine, ecc., possono essere usati per guidare e migliorare il processo di ricerca dei geni. Il risultato è l'insieme delle strutture di geni più probabili che rispettano tutti i vincoli dati dall'utente, se tali strutture di geni esistono. AUGUSTUS include già HMM pronti per molte specie e script per istruire modelli personalizzati usando genomi annotati.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to augustus

• dep: augustus-data

  file dei dati per AUGUSTUS

• dep: libbamtools2.5.3 (>= 2.5.3+dfsg)

  libreria dinamica per manipolare file BAM (allineamento di genoma)

• dep: libboost-iostreams1.90.0 (>= 1.90.0)

  libreria Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1)

  libreria di ordinamento COLAMD per matrici sparse

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64el]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)

  libreria client del database MariaDB

• dep: libmysql++3t64

  libreria C++ di collegamento per MySQL (runtime)

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)

  libreria condivisa SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• rec: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

• sug: cdbfasta

  strumenti Constant DataBase per indicizzazione e recupero per file multi-FASTA

• sug: diamond-aligner

  allineatore di sequenze locali accelerato compatibile con BLAST

• sug: libdbd-mysql-perl

  Interfaccia Perl5 per database MariaDB/MySQL

• sug: libfile-which-perl

  modulo Perl per cercare programmi eseguibili nel PATH

• sug: libparallel-forkmanager-perl

  simple parallel processing fork manager for Perl

• sug: libyaml-perl

  YAML non è un linguaggio di Markup

• sug: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

Download augustus

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	3.5.0+dfsg-5+b2	2,148.4 kB	11,712.0 kB	[list of files]
arm64	3.5.0+dfsg-5+b3	1,815.6 kB	11,132.0 kB	[list of files]
armhf	3.5.0+dfsg-5+b2	1,727.2 kB	8,285.0 kB	[list of files]
i386	3.5.0+dfsg-5+b2	2,195.0 kB	12,436.0 kB	[list of files]
ppc64el	3.5.0+dfsg-5+b2	2,032.4 kB	14,012.0 kB	[list of files]
riscv64	3.5.0+dfsg-5+b2	2,065.4 kB	8,986.0 kB	[list of files]
s390x	3.5.0+dfsg-5+b2	2,015.9 kB	12,173.0 kB	[list of files]