Package: python-pbcommand (1.1.1-1)

[ Source: python-pbcommand  ]

interfaccia comune a riga di comando per moduli di analisi di Pacific Biosciences

Per l'integrazione con il motore di flusso di lavoro pbsmrtpipe, è necessario essere in grado di generare un Tool Contract ed essere in grado di eseguire da un Resolved Tool Contract. Un Tool Contract contiene i metadati dell'eseguibile, come i tipi di file degli input, degli output e le opzioni. Ci sono due principali casi d'uso, il primo è fare il wrap/chiamare funzioni Python che sono state definite in pacchetti Python esterni o in script. Il secondo è creare uno strumento CLI che gestisce l'emissione di Tool Contract, l'esecuzione di Resolved Tool Contract e una CLI completa in stile argparse.

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