Package: tandem-mass (1:201702011-1 and others)

[ Source: tandem-mass  ]

software per spettrometria di massa per identificare proteine

X! Tandem può trovare la corrispondenza tra spettri di massa tandem e sequenze peptidiche, in un processo che viene comunemente usato per effettuare l'identificazione delle proteine.

Questo software ha una API (interfaccia per programmazione di applicazioni) molto semplice e non sofisticata: accetta semplicemente nella riga di comando un file XML con le istruzioni e produce in output i risultati in un file XML che è stato specificato nel file XML di input. Il formato del file di output è descritto all'indirizzo http://www.thegpm.org/docs/X_series_output_form.pdf.

A differenza di alcuni motori di ricerca delle generazioni precedenti, tutta la serie X! dei motori di ricerca calcola l'intervallo statistico di confidenza (valori attesi) per tutte le singole assegnazioni spettro-sequenza. Riassemblano anche tutti le assegnazioni dei peptidi in un insieme di dati nelle sequenze proteiche conosciute e assegnano la confidenza statistica che questo assemblaggio e allineamento non siano casuali. È possibile trovare la formula all'interno; perciò non è necessario utilizzare un software separato per l'assemblaggio e l'analisi statistica, come ad esempio PeptideProphet e ProteinProphet.

Other Packages Related to tandem-mass

• dep: libc6 (>= 2.27)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

  libreria C per l'analisi di file XML - libreria runtime

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armel, armhf]

  Package not available

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

Download tandem-mass

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1:201702011-1+b1	220.0 kB	641.0 kB	[list of files]
arm64	1:201702011-1	191.3 kB	564.0 kB	[list of files]
armel	1:201702011-1	182.0 kB	539.0 kB	[list of files]
armhf	1:201702011-1	187.8 kB	387.0 kB	[list of files]
i386	1:201702011-1	235.7 kB	679.0 kB	[list of files]
mips64el	1:201702011-1	203.9 kB	790.0 kB	[list of files]
mipsel	1:201702011-1	206.4 kB	745.0 kB	[list of files]
ppc64el	1:201702011-1	228.1 kB	792.0 kB	[list of files]
s390x	1:201702011-1	187.3 kB	636.0 kB	[list of files]