Package: gasic-examples (0.0.r19-7)

[ Source: gasic  ]

correzione della similarità dell'abbondanza del genoma (dati di esempio)

Un obiettivo dell'analisi metagenomica basata sul sequenziamento è la valutazione tassonomica quantitativa delle composizioni delle comunità microbiche. Tuttavia, la maggioranza degli approcci o quantifica a bassa risoluzione (es. a livello di phylum) o ha gravi problemi nel distinguere specie estremamente simili. Ciononostante, un'accurata quantificazione a livello di specie è desiderabile in applicazioni come diagnostica metagenomica o confronto di comunità. GASiC è un metodo per correggere i risultati dell'allineamento delle letture per le ambiguità imposte dalle similarità dei genomi. Ha prestazioni superiori rispetto ai metodi esistenti.

Questo pacchetto include alcuni esempi che possono essere usati per testare gasic.

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