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Package: proalign (0.603-5)

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programma per allineamenti multipli probabilistici

ProAlign effettua allineamenti multipli probabilistici usando modelli di Markov nascosti (HMM). Include un'interfaccia grafica (GUI) che permette di: (i) effettuare allineamenti di sequenze di nucleotidi o di aminoacidi, (ii) visualizzare la qualità delle soluzioni, (iii) filtrare le regioni con allineamenti non affidabili e (iv) esportare gli allineamenti per altro software.

ProAlign usa un metodo progressivo, in modo che l'allineamento multiplo viene creato passo a passo, effettuando allineamenti a coppie nei nodi di un albero guida. Le sequenze sono descritte con vettori di probabilità dei caratteri, e ogni allineamento a coppie ricostruisce la sequenza ancestrale (genitrice) calcolando le probabilità di diversi caratteri sulla base di un modello evolutivo.

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