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identificazione di plasmidi noti da letture di sequenziamento di genomi interi

PlasmidSeeker è un programma basato su k-meri per l'identificazione di plasmidi noti da letture di sequenziamento di interi genomi batterici.

PlasmidSeeker abilita il rilevamento di plasmidi da dati di WGS di batteri senza assemblaggio delle letture. L'algoritmo di PlasmidSeeker è basato sui k-meri e usa l'abbondanza dei k-meri per distinguere tra sequenze dei plasmidi e batteriche. Le prestazioni di PlasmidSeeker sono state testate su un insieme di campioni WGS batterici reali e simulati ottenendo come risultato una sensibilità del 100% e una specificità del 99.98%.

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