Paquet : yanagiba (1.0.0-5)

[ Paquet source : yanagiba  ]

filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore

Yanagiba is used to filter short or low quality Oxford Nanopore reads which have been basecalled with Albacore. It takes fastq.gz and an Albacore summary file as input. If no Albacore summary file is provided attempt to calculate mean qscore from directly from fastq file using NanoMath. Note: Calculated quality scores appear to be lower for reads called with Metrichor, you may need to lower your minqual setting in this case.

Autres paquets associés à yanagiba

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  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-nanomath

  simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	25,0 ko	57,0 ko	[liste des fichiers]