Paquet : velvet (1.2.10+dfsg1-8 et autres)

[ Paquet source : velvet  ]

assembleur de séquences d'acides nucléiques pour de très courtes lectures

Velvet est un assembleur génomique de type de novo (assemblage de lectures courtes pour créer des séquences de pleine longueur) spécialement conçu pour les technologies de séquençage à lecture courte, telles que Solexa de l'entreprise Illumina ou 454 de l'entreprise Roche, développées par Daniel Zerbino et Ewan Birney au centre de recherche European Bioinformatics Institute (EBI) qui fait partie du European Molecular Biology Laboratory (EMBL), proche de Cambridge, au Royaume-Uni .

Le logiciel Velvet prend actuellement des séquences de lectures courtes, enlève les erreurs puis produit des contigs uniques de haute qualité. Il utilise alors les informations de lecture des paires, si elles sont disponibles, pour extraire les zones répétées entre les contigs.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, But: Analyse

Autres paquets associés à velvet

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: velvet-example

  données d’exemples pour l’assembleur génomique Velvet

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.2.10+dfsg1-8	693,3 ko	1 718,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.2.10+dfsg1-8	658,0 ko	1 256,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.2.10+dfsg1-8	637,2 ko	1 333,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.2.10+dfsg1-8	655,1 ko	1 459,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.2.10+dfsg1-8	638,3 ko	1 075,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.2.10+dfsg1-8	689,4 ko	1 457,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.2.10+dfsg1-8	685,9 ko	1 453,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.2.10+dfsg1-8	775,3 ko	2 661,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	1.2.10+dfsg1-8	609,1 ko	1 217,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.2.10+dfsg1-8	654,7 ko	1 511,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.2.10+dfsg1-8	663,5 ko	1 596,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.2.10+dfsg1-8	667,2 ko	1 589,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.2.10+dfsg1-8+b1	699,0 ko	1 343,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.2.10+dfsg1-8	642,5 ko	1 301,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.2.10+dfsg1-8	662,9 ko	1 457,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.2.10+dfsg1-8	662,0 ko	4 671,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.2.10+dfsg1-8	657,6 ko	1 245,0 ko	[liste des fichiers]