Paquet : gromacs-mpich (2020.5-4) [debports]

[ Paquet source :  ]

simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec MPICH

GROMACS est un paquet polyvalent pour faire de la dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations newtoniennes du mouvement de systèmes de millions de particules.

Il a été créé en premier lieu pour les molécules biochimiques comme les protéines et les lipides qui ont beaucoup d'interactions covalentes compliquées, mais comme GROMACS est extrêmement rapide pour calculer les interactions non covalentes (qui souvent dominent les simulations), beaucoup de groupes l'utilisent aussi pour la recherche sur des systèmes non biologiques, comme les polymères.

Ce paquet fournit seulement le moteur de simulation central avec prise en charge de la parallélisation utilisant l’interface MPICH (v.3). Il convient pour les nœuds d’une grappe de calcul ou pour les machines multiprocesseurs.

Autres paquets associés à gromacs-mpich

• dep: libc6.1 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libfftw3-double3 (>= 3.3.5)

  bibliothèque de calcul des transformées de Fourier rapides — double précision

• dep: libfftw3-single3 (>= 3.3.5)

  bibliothèque de calcul des transformées de Fourier rapides — simple précision

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhwloc15 (>= 2.4.1~rc3+dfsg)

  Hierarchical view of the machine - shared libs

• dep: libmpich12 (>= 3.4.1)

  Shared libraries for MPICH

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: mpich

  Implementation of the MPI Message Passing Interface standard

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: gromacs

  Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

• sug: gromacs-data

  simulateur de dynamique moléculaire GROMACS – données et documentation

Télécharger gromacs-mpich

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	4 297,7 ko	14 197,0 ko	[liste des fichiers]