Paquet : fastqc (0.12.1+dfsg-3)

[ Paquet source : fastqc  ]

contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

FastQC a pour objectif de fournir un moyen simple de faire des contrôles de qualité sur des données de séquences brutes provenant de pipelines de séquençage à haut débit. Il propose un ensemble modulaire d'analyses pouvant être utilisées pour donner une impression rapide des problèmes dont l'utilisateur devrait être au courant avant de faire une analyse plus poussée.

Les principales fonctions de FastQC sont :

 - import des données des fichiers BAM (version binaire compressée de SAM),
    SAM (« Sequence Alignment/Map ») ou FastQ (n'importe quelle variante) ;
 - fournir un aperçu rapide pour indiquer les zones dans lesquelles il
    peut y avoir des problèmes ;
 - des graphes de résumé et des tables pour évaluer rapidement les
    données ;
 - export des résultats vers un rapport permanent en HTML ;
 - fonctionnement hors ligne afin de permettre la génération de rapports
    automatiques sans exécuter l'application interactive.

Étiquettes: Interface utilisateur: Graphical User Interface, Système X Window, Rôle: Programme

Autres paquets associés à fastqc

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

• dep: libcommons-math3-java

  Java lightweight mathematics and statistics components

• dep: libfindbin-libs-perl

  Perl module to use a relative path for lib directories

• dep: libhtsjdk-java

  Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

• dep: libjbzip2-java

  bzip2 compression/decompression library

• dep: libsis-jhdf5-java

  easy-to-use HDF library for Java

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	390,0 ko	574,0 ko	[liste des fichiers]