Paquet : r-bioc-isoformswitchanalyzer (2.6.0+ds-2 et autres)

[ Paquet source : r-bioc-isoformswitchanalyzer  ]

Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and

Isoform Switches with Functional Consequences from both short- and long-read RNA-seq data. Analysis of alternative splicing and isoform switches with predicted functional consequences (e.g. gain/loss of protein domains etc.) from quantification of all types of RNASeq by tools such as Kallisto, Salmon, StringTie, Cufflinks/Cuffdiff etc.

Autres paquets associés à r-bioc-isoformswitchanalyzer

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.20 [non hppa, ia64, sh4, x32]

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel [non x32]

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.50.0)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-bsgenome

  infrastructure de BioConductor pour les paquets de données de génome basés sur Biostrings

• dep: r-bioc-dexseq

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• dep: r-bioc-drimseq [x32]

  Differential transcript usage and tuQTL analyses with

• dep: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-limma

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• dep: r-bioc-pfamanalyzer [non x32]

  identification avec GNU R d’isotypes de domaine dans les données pfam

• dep: r-bioc-pwalign [non hppa, ia64, sh4, x32]

  Perform pairwise sequence alignments

• dep: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-s4vectors [non x32]

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-saturn (>= 1.7.0) [non x32]

  analyse modulable de l’utilisation différentielle de transcriptions pour le séquençage d’ARN

• dep: r-bioc-summarizedexperiment [non x32]

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-sva [non x32]

  GNU R Surrogate Variable Analysis

• dep: r-bioc-tximeta (>= 1.7.12)

  Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

• dep: r-bioc-tximport (>= 1.7.1)

  estimations au niveau transcription de séquences biologiques

• dep: r-bioc-xvector

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-cran-dbi

  paquet de GNU R fournissant une interface généraliste de base de données

• dep: r-cran-dplyr

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-futile.logger

  logging utility for GNU R

• dep: r-cran-ggplot2 [x32]

  implementation of the Grammar of Graphics

  dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.3.5) [non x32]

• dep: r-cran-gridextra

  GNU R package with extensions for the grid package

• dep: r-cran-magrittr

  GNU R forward-pipe operator

• dep: r-cran-plyr

  tools for splitting, applying and combining data

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  paquet de GNU R fournissant des palettes de couleurs adaptées

• dep: r-cran-rcurl

  GNU R General network (HTTP/FTP/...) client interface

• dep: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-reshape2

  Flexibly reshape data: a reboot of the reshape package

• dep: r-cran-stringr

  Make it easier to work with strings

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-tidyr [non x32]

  GNU R package to easily tidy data

• dep: r-cran-venndiagram

  création de diagrammes de Venn et d’EUler de haute résolution

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

Télécharger r-bioc-isoformswitchanalyzer

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.6.0+ds-2	4 018,0 ko	4 769,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.6.0+ds-2	4 018,8 ko	4 718,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.6.0+ds-2	4 018,9 ko	4 770,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.2.0+ds-1	4 010,0 ko	4 701,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.2.0+ds-1	4 010,7 ko	4 701,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	2.6.0+ds-2	4 018,8 ko	4 769,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.6.0+ds-2	4 019,0 ko	4 770,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.6.0+ds-2	4 019,1 ko	4 770,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.6.0+ds-2	4 019,0 ko	4 770,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.6.0+ds-2	4 018,7 ko	4 710,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.6.0+ds-2	4 018,9 ko	4 710,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.2.0+ds-1	4 009,9 ko	4 761,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.20.0+ds-1	3 589,3 ko	4 202,0 ko	[liste des fichiers]