Paquet : pdb-tools (2.6.0-1)

[ Paquet source : pdb-tools  ]

outils pour manipuler et éditer les fichiers PDB

Manipuler les fichiers PDB (Protein Data Bank) est souvent pénible. Extraire une chaine particulière ou un ensemble de résidus, réaffecter les résidus, diviser ou fusionner des modèles et des chaines ou s’assurer que le fichier soit conforme aux spécifications de PDB sont des exemples de tâches qui peuvent être réalisées en utilisant n’importe quelle bibliothèque ou interface digne de ce nom. Cela cependant requiert toujours 1) une connaissance des scripts, 2) du temps et 3) une installation d’un ou plusieurs programmes.

pdb-tools a été conçu comme couteau suisse pour le format PDB. Ces outils n’ont aucune dépendance extérieure à part le langage de programmation Python. Ce sont des descendants d’un ensemble de vieux programmes en FORTRAN 77 qui avaient l’avantage de travailler sur des flux, c’est-à-dire que la sortie d’un script pouvait être embouchée dans un autre.

La philosophie de ces scripts est simple  : un script, une tâche. Pour faire deux choses, enchainer les scripts ensemble.

Ce paquet fournit les outils en ligne de commande.

Autres paquets associés à pdb-tools

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-pdbtools

  outils pour éditer et manipuler des fichiers PDB – paquet de Python 3

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	5,0 ko	57,0 ko	[liste des fichiers]