Paquet : r-bioc-saturn (1.10.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-saturn  ]

analyse modulable de l’utilisation différentielle de transcriptions pour le séquençage d’ARN

Ce paquet de Bioconductor est utile pour l’analyse modulable de l’utilisation différentielle de transcriptions pour le séquençage d’ARN de masse ou de cellule unique.

L’application satuRn fournit un cadriciel très performant et modulable d’analyses d’utilisation différentielle de transcriptions. Le paquet se compose de trois fonctions principales. La première fonction, fitDTU, convient pour les modèles linéaires généralisés quasi-binomiaux qui modélisent l’utilisation de transcriptions par groupes d’intérêt. La seconde fonction, testDTU, teste l’utilisation différentielle de transcriptions entre les groupes d’intérêt. Finalement, plotDTU visualise les profils d’utilisation de transcriptions dans des groupes d’intérêt.

Autres paquets associés à r-bioc-saturn

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-limma

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-boot

  paquet de GNU R pour des fonctions de « bootstrapping » de Davison et Hinkley

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-locfdr

  GNU R computation of local false discovery rates

• dep: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-pbapply

  paquet de GNU R fournissant des barres de progression pour des fonctions de R vectorisées

• sug: r-bioc-annotationhub

  client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-delayedarray

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• sug: r-bioc-dexseq

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• sug: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• sug: r-bioc-ensembldb

  GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database

• sug: r-cran-covr

  test coverage for GNU R packages

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Télécharger r-bioc-saturn

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	2 947,0 ko	3 032,0 ko	[liste des fichiers]