Paquet : gasic (0.0.r19-4)

[ Paquet source : gasic  ]

genome abundance similarity correction

One goal of sequencing based metagenomic analysis is the quantitative taxonomic assessment of microbial community compositions. However, the majority of approaches either quantify at low resolution (e.g. at phylum level) or have severe problems discerning highly similar species. Yet, accurate quantification on species level is desirable in applications such as metagenomic diagnostics or community comparison. GASiC is a method to correct read alignment results for the ambiguities imposed by similarities of genomes. It has superior performance over existing methods.

Autres paquets associés à gasic

• dep: bowtie

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• dep: python-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab

• dep: python-numpy

  gestion rapide des tableaux avec Python

• dep: python-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

• dep: python-scipy

  outils scientifiques pour Python

• dep: seqan-apps

  C++ library for the analysis of biological sequences

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	19,8 ko	74,0 ko	[liste des fichiers]