Paquet : r-bioc-tcgabiolinks (2.25.3+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-tcgabiolinks  ]

paquet de GNU R/Bioconductor pour l’analyse intégrative avec des données du GDC

The aim of TCGAbiolinks is:

 1) facilitate the GDC open-access data retrieval,
 2) prepare the data using the appropriate pre-processing strategies,
 3) provide the means to carry out different standard analyses and
 4) to easily reproduce earlier research results.

In more detail, the package provides multiple methods for analysis (e.g., differential expression analysis, identifying differentially methylated regions) and methods for visualization (e.g., survival plots, volcano plots, starburst plots) in order to easily develop complete analysis pipelines.

Autres paquets associés à r-bioc-tcgabiolinks

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biomart

  interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.4.0)

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-tcgabiolinksgui.data (>= 1.15.1)

  Data for the TCGAbiolinksGUI package

• dep: r-cran-data.table

  GNU R extension of Data.frame

• dep: r-cran-downloader (>= 0.4)

  paquet de GNU R pour le téléchargement de fichiers par HTTP et HTTPS

• dep: r-cran-dplyr

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-httr (>= 1.2.1)

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• dep: r-cran-jsonlite (>= 1.0.0)

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• dep: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• dep: r-cran-plyr

  tools for splitting, applying and combining data

• dep: r-cran-purrr

  outils de GNU R pour la programmation fonctionnelle

• dep: r-cran-r.utils

  GNU R various programming utilities

• dep: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-rvest (>= 0.3.0)

  Easily Harvest (Scrape) Web Pages

• dep: r-cran-stringr (>= 1.0.0)

  Make it easier to work with strings

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-tidyr

  GNU R package to easily tidy data

• dep: r-cran-xml (>= 3.98.0)

  paquet de GNU R pour la génération et analyse d’XML

• dep: r-cran-xml2

  GNU R XML parser

• sug: r-bioc-affy

  méthodes de BioConductor pour les matrices d'oligonucléotides d'Affymetrix

• sug: r-bioc-annotationhub

  client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

• sug: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-complexheatmap

  make complex heatmaps using GNU R

• sug: r-bioc-consensusclusterplus

  GNU R determining cluster count and membership

• sug: r-bioc-edaseq

  GNU R exploratory data analysis and normalization for RNA-Seq

• sug: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• sug: r-bioc-experimenthub

  client BioConductor pour accéder aux ressources d’ExperimentHub

• sug: r-bioc-genefilter

  methods for filtering genes from microarray experiments

• sug: r-bioc-limma

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• sug: r-bioc-sva

  GNU R Surrogate Variable Analysis

• sug: r-cran-circlize

  Circular Visualization

• sug: r-cran-devtools

  Tools to Make Developing R Packages Easier

• sug: r-cran-doparallel

  GNU R foreach parallel adaptor for the parallel package

• sug: r-cran-ggrepel (>= 0.6.3)

  auto-position non-overlapping text labels in plots

• sug: r-cran-gridextra

  GNU R package with extensions for the grid package

• sug: r-cran-igraph

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• sug: r-cran-jpeg

  lecture et écriture d’images JPEG

• sug: r-cran-parmigene

  information mutuelle en parrallèle pour établir des réseaux géniques

• sug: r-cran-png

  GNU R package to read and write PNG images

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-scales

  Scale functions for visualization

• sug: r-cran-seurat

  Tools for Single Cell Genomics

• sug: r-cran-survival

  paquet GNU R pour l'analyse de survie

• sug: r-cran-survminer

  GNU R drawing survival curves using 'ggplot2'

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	6 354,4 ko	6 791,0 ko	[liste des fichiers]