[ Source: srst2 ]
Paketti: srst2 (0.2.0-14 ja muut)
Links for srst2
Debian-palvelut:
Imuroi lähdekoodipaketti srst2:
Ylläpitäjät:
- Debian Med Packaging Team (Laadunvalvontasivu, Mail Archive)
- Andreas Tille (Laadunvalvontasivu)
- Étienne Mollier (Laadunvalvontasivu)
External Resources:
- Kotisivu [katholt.github.io]
Samankaltaisia paketteja:
Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens
This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.
Muut pakettiin srst2 liittyvät paketit
|
|
|
|
-
- dep: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
-
- dep: cd-hit
- suite of programs designed to quickly group sequences
-
- dep: python [hppa, x32]
- Paketti ei saatavilla
-
- dep: python-biopython [hppa, x32]
- Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)
-
- dep: python-scipy [hppa, x32]
- Paketti ei saatavilla
-
- dep: python3 [ei hppa, x32]
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-biopython [ei hppa, x32]
- Python3 library for bioinformatics
-
- dep: python3-scipy [ei hppa, x32]
- scientific tools for Python 3
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- rec: python3-rpy2
- Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)
Imuroi srst2
| Arkkitehtuuri | Versio | Paketin koko | Koko asennettuna | Tiedostot |
|---|---|---|---|---|
| alpha (epävirallinen siirros) | 0.2.0-14 | 60.0 kt | 265.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| amd64 | 0.2.0-14 | 60.0 kt | 265.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| arm64 | 0.2.0-14 | 60.0 kt | 265.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| hppa (epävirallinen siirros) | 0.1.8-1 | 58.6 kt | 258.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| ia64 (epävirallinen siirros) | 0.2.0-11 | 59.6 kt | 254.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| loong64 (epävirallinen siirros) | 0.2.0-14 | 60.0 kt | 265.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| m68k (epävirallinen siirros) | 0.2.0-14 | 60.0 kt | 265.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| ppc64 (epävirallinen siirros) | 0.2.0-14 | 60.0 kt | 265.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| ppc64el | 0.2.0-14 | 60.0 kt | 265.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| riscv64 | 0.2.0-14 | 60.0 kt | 265.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| sh4 (epävirallinen siirros) | 0.2.0-14 | 60.0 kt | 265.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| sparc64 (epävirallinen siirros) | 0.2.0-14 | 60.0 kt | 265.0 kt | [tiedostoluettelo] |
| x32 (epävirallinen siirros) | 0.1.8-1 | 58.6 kt | 258.0 kt | [tiedostoluettelo] |