Paket: tiddit (3.6.1+dfsg-1 und andere)

[ Quellcode: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Andere Pakete mit Bezug zu tiddit

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [hppa, ppc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [amd64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, ppc64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (<< 3.12) [x32]

  dep: python3 (<< 3.13) [nicht hppa, ppc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ppc64]

  dep: python3 (>= 3.11~) [nicht hppa, ppc64]

• dep: python3-joblib [nicht hppa, ppc64]

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy [nicht hppa, ppc64]

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pysam [nicht hppa, ppc64]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

tiddit herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-1+b1	443,9 kB	2.794,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	3.6.1+dfsg-1+b1	515,0 kB	2.358,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	3.6.1+dfsg-1+b1	404,1 kB	2.392,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	3.6.1+dfsg-1+b1	421,6 kB	2.016,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	3.6.1+dfsg-1+b1	435,4 kB	1.408,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.12.2+dfsg-1+b1	228,8 kB	906,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.6.1+dfsg-1+b1	474,3 kB	2.242,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-1+b1	478,9 kB	3.466,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-1+b1	399,7 kB	1.940,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	3.6.1+dfsg-1+b1	372,2 kB	2.683,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.12.2+dfsg-1+b1	225,3 kB	1.232,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	3.6.1+dfsg-1+b1	438,6 kB	2.776,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	3.6.1+dfsg-1+b1	460,2 kB	1.684,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-1+b1	617,4 kB	2.164,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-1	278,2 kB	1.054,0 kB	[Liste der Dateien]