Paket: kmc (3.2.4+dfsg-1 und andere)

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Externe Ressourcen:

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count kmers in genomic sequences

The kmc software is designed for counting k-mers (sequences of consecutive k symbols) in a set of reads. K-mer counting is important for many bioinformatics applications, e.g. developing de Bruijn graph assemblers.

Building de Bruijn graphs is a commonly used approach for genome assembly with data from second-generation sequencing. Unfortunately, sequencing errors (frequent in practice) result in huge memory requirements for de Bruijn graphs, as well as long build time. One of the popular approaches to handle this problem is filtering the input reads in such a way that unique k-mers (very likely obtained as a result of an error) are discarded.

Thus, KMC scans the raw reads and produces a compact representation of all non-unique reads accompanied with number of their occurrences. The algorithm implemented in KMC makes use mostly of disk space rather than RAM, which allows one to use KMC even on rather typical personal computers. When run on high-end servers (what is necessary for KMC competitors) it outperforms them in both memory requirements and speed of computation. The disk space necessary for computation is in order of the size of input data (usually it is smaller).

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Benutzer-Schnittstellen: Befehls-Shell, Rolle: role::program, science::calculation, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Analyse, Berechnen

Andere Pakete mit Bezug zu kmc

hängt ab von

empfiehlt

schlägt vor

erweitert

dep: libbz2-1.0 [ia64, x32]

Hochwertiger, Blöcke sortierender Dateikomprimierer - Laufzeitbibliothek
dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4, x32]

dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

GCC Support-Bibliothek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64, sparc64]
dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

GCC Support-Bibliothek
dep: libgomp1 (>= 4.9) [x32]

Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht ia64, x32]

GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

dep: libstdc++6 (>= 6) [ia64, x32]
dep: libunwind8 [ia64]

Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

kmc herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen
Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	3.2.4+dfsg-1	800,3 kB	4.403,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	3.2.4+dfsg-1	991,7 kB	4.709,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	3.2.4+dfsg-1	823,1 kB	4.013,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	3.2.4+dfsg-1	843,3 kB	4.024,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	3.2.4+dfsg-1	880,0 kB	2.864,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	3.2.4+dfsg-1	1.157,8 kB	4.715,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.2.4+dfsg-1	1.018,6 kB	4.884,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	3.1.1+dfsg-4	915,5 kB	8.074,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	3.2.4+dfsg-1	962,0 kB	4.680,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	3.2.4+dfsg-1	739,6 kB	4.883,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	3.2.4+dfsg-1	826,7 kB	5.037,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	3.2.4+dfsg-1	904,2 kB	4.909,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	3.2.4+dfsg-1	901,4 kB	3.037,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	3.2.4+dfsg-1	935,1 kB	4.621,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	3.2.4+dfsg-1	1.331,0 kB	4.267,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	3.2.4+dfsg-1	690,0 kB	6.198,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.3+dfsg-10	496,6 kB	2.254,0 kB	[Liste der Dateien]