Пакет: kmc (3.2.4+dfsg-1 и другие)

[ Источник: kmc  ]

count kmers in genomic sequences

The kmc software is designed for counting k-mers (sequences of consecutive k symbols) in a set of reads. K-mer counting is important for many bioinformatics applications, e.g. developing de Bruijn graph assemblers.

Building de Bruijn graphs is a commonly used approach for genome assembly with data from second-generation sequencing. Unfortunately, sequencing errors (frequent in practice) result in huge memory requirements for de Bruijn graphs, as well as long build time. One of the popular approaches to handle this problem is filtering the input reads in such a way that unique k-mers (very likely obtained as a result of an error) are discarded.

Thus, KMC scans the raw reads and produces a compact representation of all non-unique reads accompanied with number of their occurrences. The algorithm implemented in KMC makes use mostly of disk space rather than RAM, which allows one to use KMC even on rather typical personal computers. When run on high-end servers (what is necessary for KMC competitors) it outperforms them in both memory requirements and speed of computation. The disk space necessary for computation is in order of the size of input data (usually it is smaller).

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Пользовательский интерфейс: Командная оболочка, Роль: role::program, science::calculation, Область: Утилита, Цель: Анализ, Вычислительный

Другие пакеты, относящиеся к kmc

• dep: libbz2-1.0 [ia64, x32]

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64, sparc64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [x32]

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не ia64, x32]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 6) [ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  библиотека сжатия

Загрузка kmc

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	3.2.4+dfsg-1	800,3 Кб	4 403,0 Кб	[список файлов]
amd64	3.2.4+dfsg-1	991,7 Кб	4 709,0 Кб	[список файлов]
arm64	3.2.4+dfsg-1	823,1 Кб	4 013,0 Кб	[список файлов]
armel	3.2.4+dfsg-1	843,3 Кб	4 024,0 Кб	[список файлов]
armhf	3.2.4+dfsg-1	880,0 Кб	2 864,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	3.2.4+dfsg-1	1 157,8 Кб	4 715,0 Кб	[список файлов]
i386	3.2.4+dfsg-1	1 018,6 Кб	4 884,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	3.1.1+dfsg-4	915,5 Кб	8 074,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	3.2.4+dfsg-1	962,0 Кб	4 680,0 Кб	[список файлов]
mips64el	3.2.4+dfsg-1	739,6 Кб	4 883,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	3.2.4+dfsg-1	826,7 Кб	5 037,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	3.2.4+dfsg-1	904,2 Кб	4 909,0 Кб	[список файлов]
riscv64	3.2.4+dfsg-1	901,4 Кб	3 037,0 Кб	[список файлов]
s390x	3.2.4+dfsg-1	935,1 Кб	4 621,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	3.2.4+dfsg-1	1 331,0 Кб	4 267,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	3.2.4+dfsg-1	690,0 Кб	6 198,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.3+dfsg-10	496,6 Кб	2 254,0 Кб	[список файлов]