Paket: ltrsift (1.0.2-9 und andere)

[ Quellcode: ltrsift  ]

Nachbearbeitung und Klassifikation von LTR-Retrotransposonen

LTRsift ist ein grafisches Werkzeug für die halbautomatische Nachbearbeitung von de-novo vorhergesagten Annotationen von LTR-Retrotransposonen, etwa bei den von LTRharvest und LTRdigest erstellten. Die benutzerfreundliche Oberfläche zeigt LTR-Retrotransposon-Kandidaten, deren mutmaßliche Familien und deren interne Struktur auf hierarchische Art an. Dadurch wird es dem Benutzer ermöglicht die teilweise großen Resultate der de-novo-Vorhersage-Software zu »durchsieben« (sift). Funktionen für anpassbares Filtern und Klassifizieren sind ebenso verfügbar.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Benutzer-Schnittstellen: Graphical User Interface, interface::x11, role::program, Zweck: Hilfswerkzeug, GUI-Baukasten: GTK, Zweck: use::analysing, use::browsing, Vergleichen, Daten-Organisation, use::viewing, x11::application

Andere Pakete mit Bezug zu ltrsift

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.7) [nicht arm64, ppc64el]

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  2D-Vektorgrafikbibliothek Cairo

• dep: libgdk-pixbuf-2.0-0 (>= 2.22.0)

  Bibliothek GDK-PixBuf

• dep: libgenometools0 (>= 1.6.1+ds) [nicht mips64el, mipsel]

  Vielseitige Bibliothek für Genomanalysen

  dep: libgenometools0 (>= 1.6.2+ds) [mips64el, mipsel]

• dep: libglib2.0-0 (>= 2.35.9)

  GLib - Bibliothek von C-Routinen

• dep: libgtk2.0-0 (>= 2.18.0)

  GTK - Bibliothek für grafische Benutzeroberflächen - alte Version

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Gestaltung und Anzeige internationalisierten Textes

• rec: last-align

  Vergleich biologischer Sequenzen für Genome

• rec: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

ltrsift herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	1.0.2-9+b1	107,4 kB	378,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.0.2-9+b1	95,8 kB	366,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	1.0.2-9+b1	94,5 kB	328,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	1.0.2-9+b1	95,3 kB	280,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	1.0.2-9+b1	118,2 kB	440,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.0.2-9+b1	87,6 kB	406,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	1.0.2-9+b1	91,2 kB	417,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.0.2-9+b1	106,6 kB	514,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.0.2-9+b1	96,9 kB	382,0 kB	[Liste der Dateien]