Package: spaced (1.2.0-201605+dfsg-4)

[ Source: spaced  ]

Justeringsfri sekvenssammenligning ved hjælp af afskårne ord

Spaced (Words) er en ny tilgang til justeringsfri sekvenssammenligning. Mens de fleste justeringsfrie algoritmer sammenligner ord-sammensætning af sekvenser bruger Spaced et mønster af gælder og gælder ikke stillinger. Forekomsten af et mellemrum i en sekvens defineres derefter kun af tegnene i matchpositionerne, mens tegnene på positionerne gælder ikke ignoreres. I stedet for sammenligning af frekvenserne af sammenhængende ord i indgangssekvenserne, denne nye fremgangsmåde sammenligner frekvenserne af de adskilte ord i overensstemmelse med det foruddefinerede mønster. En informations-teoretisk afstandsmåling bruges til at definere parvise afstande på sæt af indgangssekvenser baseret på deres mellemrumsordfrekvenser. Systematisk test kørt på ægte og simulerede sekvenssæt har vist, at for fylogenirekonstruktion, er denne fremgangsmåde med flere mellemrum-ord langt bedre end den klassiske justeringsfri tilgang baseret på sammenhængende ordfrekvenser.

Other Packages Related to spaced

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download spaced

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	59.4 kB	168.0 kB	[list of files]
arm64	52.3 kB	152.0 kB	[list of files]
armel	53.0 kB	151.0 kB	[list of files]
armhf	51.9 kB	111.0 kB	[list of files]
i386	66.2 kB	179.0 kB	[list of files]
mips64el	58.6 kB	223.0 kB	[list of files]
ppc64el	62.0 kB	216.0 kB	[list of files]
s390x	61.9 kB	180.0 kB	[list of files]