Package: segemehl (0.3.4-5 and others)
Links for segemehl
Debian Resources:
Download Source Package segemehl:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [www.bioinf.uni-leipzig.de]
Similar packages:
Kort læs-kortlægning med gaps
Segemehl er et program til kortlægning af korte sekvenslæsninger som referencegenomer. Segemehl implementerer en matchende strategi baseret på forbedret suffikstabeller (ESA). Segemehl accepterer fasta og hurtige forespørgsler (gzip'ede og bgzip'ede). Udover opstillingen af læsninger fra DNA- og RNA-seq protokoller, tillader det også kortlægning af bisulfitomdannede læsninger (Lister og Cokus) og implementerer en split-read kortlægningsstrategi. Resultatet fra Segemehl er en SAM eller BAM formateret sammenligningsfil. I tilfælde af split-read-kortlægning, er yderligere BED-filer skrevet til disk. Disse BED-filer kan opsummeres med efterbehandlingsværktøjet haarz. I tilfælde af justering af bisulfit-konverterede læsninger kan rå methyleringshastigheder også kaldes med haarz.
Kort sagt, for hvert suffiks af en læsning forsøger Segemehl at finde den bedst bedømmende seed. Seed kan indeholde indsætninger, sletninger og uoverensstemmelser (forskelle). Antallet af forskelle tilladt i en enkelt seed er brugerstyret og er afgørende for kørselstiden af programmet. Derefter sendes seed, der underkaster den brugerdefinerede E-værdi til en præcis semiglobal sammenligningsprocedure. Læser med en minimumsnøjagtighed
i procent rapporteret til brugeren.
Other Packages Related to segemehl
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater
-
- dep: libncurses6 (>= 6) [sparc64]
- delte biblioteker til terminalhåndtering
-
- dep: libtinfo6 (>= 6) [sparc64]
- delt terminfo-bibliotek på lavt niveau for terminalhåndtering
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.2.4)
- Komprimeringsbibliotek - kørselstid
Download segemehl
| Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|---|
| alpha (unofficial port) | 0.3.4-5+b1 | 294.4 kB | 1,569.0 kB | [list of files] |
| amd64 | 0.3.4-5+b1 | 302.7 kB | 1,283.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 0.3.4-5+b1 | 268.0 kB | 1,311.0 kB | [list of files] |
| armel | 0.3.4-5+b1 | 246.1 kB | 1,137.0 kB | [list of files] |
| armhf | 0.3.4-5+b1 | 242.0 kB | 777.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 0.3.4-5+b1 | 280.4 kB | 1,221.0 kB | [list of files] |
| i386 | 0.3.4-5+b1 | 318.5 kB | 1,461.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 0.3.4-5+b1 | 360.4 kB | 2,550.0 kB | [list of files] |
| m68k (unofficial port) | 0.3.4-5+b1 | 250.2 kB | 1,125.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 0.3.4-5+b1 | 274.3 kB | 1,520.0 kB | [list of files] |
| ppc64 (unofficial port) | 0.3.4-5+b1 | 313.5 kB | 1,823.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 0.3.4-5+b1 | 321.4 kB | 1,695.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 0.3.4-5+b2 | 305.2 kB | 1,011.0 kB | [list of files] |
| s390x | 0.3.4-5+b1 | 317.9 kB | 1,530.0 kB | [list of files] |
| sh4 (unofficial port) | 0.3.4-5+b1 | 314.5 kB | 1,053.0 kB | [list of files] |
| sparc64 (unofficial port) | 0.3.4-5+b1 | 232.1 kB | 2,087.0 kB | [list of files] |
| x32 (unofficial port) | 0.3.4-5+b1 | 308.2 kB | 1,285.0 kB | [list of files] |