Package: reapr (1.0.18+dfsg-6 and others)

[ Source: reapr  ]

Universielt værktøj for genomsamlingsevaluering

REAPR er et værktøj som evaluerer præcisionen for en genomsamling, der bruger oversatte parrede slutlæsninger, uden brug af et referencegenom til sammenligning. Værktøjet kan bruges i alle trin af en samlingskanal til automatisk at bryde ukorrekte stilladser og flage andre fejl i en samling for manuel inspektion. Værktøjet rapporterer fejlsamlinger og andre advarsler og fremstiller en ny ødelagt samling baseret på fejlkald.

Programmet kræver som inddata en samling i FASTA-format og parrede læsninger oversat til samlingen i en BAM-fil. Oversættelsesinformation såsom fragmentdækning og distribution af indsættelsestørrelse analyseres for at finde fejlsamlinger. REAPR fungerer bedst med oversatte læste par fra et stort indsættelsesbibliotek (mindst 1000bp). Derudover hvis et kort indsættelsesbibliotek for Illumina også er tilgængeligt, kan REAPR kombinere disse med det store indsættelsesbibliotek for at bedømme hver base af samlingen.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to reapr

• dep: bamtools

  Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

  Package not available

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [not ia64]

  Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libfile-copy-link-perl

  Perludvidelse til erstatning af en henvisning med en kopi af den henviste fil

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [ia64]

  Package not available

• dep: libhts3t64 (>= 1.16) [sparc64]

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not ia64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64]

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0) [ia64]

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0) [not ia64]

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: r-base

  GNU R statistisk beregning og grafiksystem

• dep: samtools [not ia64]

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

  dep: samtools (>= 1.3) [ia64]

• dep: smalt

  Værktøj til sekvensoversættelse og sammenligning

• dep: snpomatic

  Hurtig, stringent kort-læsning oversættelsesprogram

• dep: tabix

  Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download reapr

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.0.18+dfsg-6	192.1 kB	1,675.0 kB	[list of files]
amd64	1.0.18+dfsg-6	202.3 kB	1,069.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.18+dfsg-6	176.0 kB	1,221.0 kB	[list of files]
armel	1.0.18+dfsg-6	168.9 kB	847.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.18+dfsg-6	170.8 kB	643.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.0.18+dfsg-6	189.0 kB	893.0 kB	[list of files]
i386	1.0.18+dfsg-6	208.9 kB	1,035.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.0.18+dfsg-5	228.2 kB	1,747.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.0.18+dfsg-6	188.5 kB	935.0 kB	[list of files]
mips64el	1.0.18+dfsg-6	187.0 kB	1,642.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.0.18+dfsg-6	195.0 kB	1,669.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.0.18+dfsg-6	195.4 kB	1,669.0 kB	[list of files]
riscv64	1.0.18+dfsg-6	192.8 kB	781.0 kB	[list of files]
s390x	1.0.18+dfsg-6	189.9 kB	1,001.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.0.18+dfsg-6	216.8 kB	1,274.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.0.18+dfsg-6	182.9 kB	14,498.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.0.18+dfsg-6	201.2 kB	995.0 kB	[list of files]