Balík: reapr (1.0.18+dfsg-6 a iné)

[ Zdroj: reapr  ]

universal tool for genome assembly evaluation

REAPR is a tool that evaluates the accuracy of a genome assembly using mapped paired end reads, without the use of a reference genome for comparison. It can be used in any stage of an assembly pipeline to automatically break incorrect scaffolds and flag other errors in an assembly for manual inspection. It reports mis-assemblies and other warnings, and produces a new broken assembly based on the error calls.

The software requires as input an assembly in FASTA format and paired reads mapped to the assembly in a BAM file. Mapping information such as the fragment coverage and insert size distribution is analysed to locate mis-assemblies. REAPR works best using mapped read pairs from a large insert library (at least 1000bp). Additionally, if a short insert Illumina library is also available, REAPR can combine this with the large insert library in order to score each base of the assembly.

Značky: Biológia: Nucleic Acids, Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Príkazový riadok, Role: role::program, works-with::biological-sequence

Ostatné balíky súvisiace s balíkom reapr

• dep: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg) [ia64]

  Balík nie je dostupný

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg) [nie ia64]

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libfile-copy-link-perl

  Perl extension for replacing a link by a copy of the linked file

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [ia64]

  Balík nie je dostupný

• dep: libhts3t64 (>= 1.16) [sparc64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie ia64]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64]

• dep: libtabixpp0 (>= 1.0.0) [ia64]

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0) [nie ia64]

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: r-base

  GNU R statistical computation and graphics system

• dep: samtools [nie ia64]

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

  dep: samtools (>= 1.3) [ia64]

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• dep: snpomatic

  fast, stringent short-read mapping software

• dep: tabix

  generic indexer for TAB-delimited genome position files

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť reapr

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.0.18+dfsg-6	192.1 kB	1,675.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.0.18+dfsg-6	202.3 kB	1,069.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.0.18+dfsg-6	176.0 kB	1,221.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.0.18+dfsg-6	168.9 kB	847.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.0.18+dfsg-6	170.8 kB	643.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.0.18+dfsg-6	189.0 kB	893.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.0.18+dfsg-6	208.9 kB	1,035.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.0.18+dfsg-5	228.2 kB	1,747.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.0.18+dfsg-6	188.5 kB	935.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.0.18+dfsg-6	187.0 kB	1,642.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.0.18+dfsg-6	195.0 kB	1,669.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.0.18+dfsg-6	195.4 kB	1,669.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.0.18+dfsg-6	192.8 kB	781.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.0.18+dfsg-6	189.9 kB	1,001.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.0.18+dfsg-6	216.8 kB	1,274.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.0.18+dfsg-6	182.9 kB	14,498.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.0.18+dfsg-6	201.2 kB	995.0 kB	[zoznam súborov]