Package: chromhmm (1.25+dfsg-1)

[ Source: chromhmm  ]

Kromatintilstandsregistrering og karakterisering

ChromHMM er et program til at lære og karakterisere kromatintilstande. ChromHMM kan integrere flere kromatindatasæt såsom ChIP-seq-data af diverse histone ændringer for at registrere de novo the major gentagende kombinatoriske og delvise mærkemønstre. ChromHMM er baseret på en multivariat Hidden Markov-model, som eksplicit modelopbygger tilstedeværelsen eller fraværet af hvert kromatinmærke. Resultatmodellen kan så bruges til systematisk at annotere et genom i en eller flere celletyper. Ved automatisk at beregne tilstandsforbedringer for funktionelle og annoterede datasæt i stor skala letter ChromHMM den biologiske karakterisering af hver tilstand. ChromHMM fremstiller også filer med genomomfattede kort af kromatintilstandsannotationer, som direkte kan visualiseres i en genombrowser.

Other Packages Related to chromhmm

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

  or java7-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre, openjdk-19-jre, openjdk-20-jre, openjdk-21-jre, openjdk-22-jre, openjdk-23-jre, openjdk-8-jre

  or java8-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre, openjdk-19-jre, openjdk-20-jre, openjdk-21-jre, openjdk-22-jre, openjdk-23-jre, openjdk-8-jre

  or java9-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre, openjdk-19-jre, openjdk-20-jre, openjdk-21-jre, openjdk-22-jre, openjdk-23-jre

  or java10-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre, openjdk-19-jre, openjdk-20-jre, openjdk-21-jre, openjdk-22-jre, openjdk-23-jre

  or java11-runtime

  virtual package provided by default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre, openjdk-19-jre, openjdk-20-jre, openjdk-21-jre, openjdk-22-jre, openjdk-23-jre

• dep: libbatik-java

  xml.apache.org SVG-bibliotek

• dep: libhtsjdk-java

  Java API for høj-gennemløbs sekventeringsdata (HTS) - formater

• dep: libjheatchart-java

  Heat map charting library for Java

Download chromhmm

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	193.3 kB	209.0 kB	[list of files]