Package: mash (2.3+dfsg-6)

[ Source: mash  ]

Hurtig genom- og metagenomafstandsestimering via MinHash

Mash bruger MinHash lokalitetssensitiv hashing til at reducere store biosekvenser til en repræsentativ kladde og hurtigt estimere parvise afstande mellem genomer eller metagenomer. Mash tegner databaser effektivt afgrænset kendt artsgrænser, tillader konstruktion af omtrentlige fylogenier og kan være søgt på sekunder ved hjælp af samlede genomer eller rå sekventeringskørsler fra Illumina, Pacific Biosciences og Oxford Nanopore. Ved metagenomik skalerer Mash sig til tusinder af prøver og kan replikere Human Microbiome Project- og Global Ocean Survey-resultater i en brøkdel af tiden.

Other Packages Related to mash

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcapnp-1.0.1

  Cap'n Proto C++-bibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgsl27 (>= 2.7.1)

  GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke

• dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download mash

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	166.8 kB	636.0 kB	[list of files]