Package: cgview (0.0.20100111-7)

[ Source: cgview  ]

Cirkulær genomfremviser

CGView er en Java-pakke, med zoomeffekt, til frembringelse af kort i høj kvalitet over cirkulære genomer. Dets primære formål er, at fungere som en komponent for sekvensannotationsdatakanaler, som et middel til visuelle uddata egnet til nettet. Funktionsinformation og optegningsmuligheder kan tilføres til programmet med en XML-fil, en indryk-afgrænset fil, eller en NCBI TOT-fil. CGView konverterer inddata til et grafisk kort (PNG-, JPG-, eller Scalable Vector Graphics-format), komplet med etiketter, en titel, tekstforklaringer og fodnoter. Ud over standarden for et fuldt kort kan Programmet oprette en række hyperhenvisningskort, med udvidede visninger. De henviste kort kan udforskes ved hjælp af en internetbrowser, hvilket tillader hurtig kig igennem genomet og let datadeling. Funktionsetiketterne i kort har hyperhenvisninger til eksterne ressourcer, så CGView-kort kan integreres med eksisterende hjemmesideindhold eller databaser.

Ud over CGView-programmet skal en API være tilgængelig for at oprette kort inde fra andre Java-programmer, ved hjælp af cgview-pakken.

CGView kan bruges til det ​​følgende:

 * Bakteriel genomvisualisering og gennemløb - CGView kan indarbejdes i
   bakterielle genomannotationsdatakanaler, som et middel til at oprette
   internetindhold for datavisualisering og -navigation. PNG- og
   billedkortindhold kræver ikke Javapanelprogrammer eller særlige
   browserudvidelsesmoduler.
 * Genomplakatoprettelse - CGView kan oprette billeder i plakatstørrelse
   cirkulære genomer i rasteriserede billedformater eller i Scalable Vector
   Grafik-format.
 * Sekvensanalysevisualisering - CGView kan bruges til at vise
   produktion af sekvensanalyseprogrammer i en cirkulær sammenhæng.

CGView funktioner:

 * Billeder kan genereres i PNG, JPG eller SVG-format. se
   CGView galleri.
 * Statiske eller interaktive kort kan oprettes. De interaktive kort
   gør brug af PNG-billeder og HTML-grafikobjekter. Scalable Vector
   Grafik-uddata er inkluderet i de interaktive kort (se eksempel).
 * XML-indgangen giver fuldstændig kontrol over udseendet af kortet.
 * Tabulatorsepareret inddatafiler og NCBI TOT-filer kan bruges som et
   alternativ til XML-formatet.
 * CGView-API'en kan bruges til at indarbejde CGView i Javaanvendelser.
 * CGView-panelprogrammet kan bruges til at indarbejde kort, der kan
   zoomes på, i internetsider (se eksempel).
 * CGView-serveren kan bruges til at oprette kort til nettet.

Other Packages Related to cgview

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

• dep: libbatik-java

  xml.apache.org SVG-bibliotek

• dep: libcommons-lang-java

  Commons Lang - en udvidelse af pakken java.lang

• dep: libjargs-java

  Fortolkning af argumenter på kommandolinjen for Java

• dep: libxerces2-java

  Validering af XML-fortolker for Java med understøttelse på DOM niveau 3

Download cgview

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	2,168.1 kB	4,371.0 kB	[list of files]