Package: gemma (0.98.5+dfsg-3 and others)

[ Source: gemma  ]

Genome-wide Efficient Mixed Model Association

GEMMA er programimplementeringen af Genome-wide Efficient Mixed Model Association-algoritmen for en lineær blandet model og nogle af dens tætte forbindelser for genome-wide association-studier (GWAS):

 * Det passer til en univariate lineær blandet model (LMM) til
   markørforeningstest med en enkelt fænotype for at tage hensyn til
   befolkningsstratifikation og prøvestruktur, og til estimering af
   proportionaliteten af variansen i fænotyper forklaret (PVE) ved
   typegenotyper (dvs. »chipheritability«).
 * Den passer til en multivariate linear mixed model (mvLMM) til at teste
   markørassociationer med flere fænotyper samtidigt under kontrol af
   befolkningsstratifikation og til at estimere genetisk korrelationer
   blandt komplekse fænotyper.
 * Den passer til en Bayesiansk sparse linear mixed model (BSLMM) ved at
   bruge Markov-kæde Monte Carlo (MCMC) til estimering af PVE ved
   indtastede genotyper, forudsige fænotyper og identificere tilhørende
   markører ved i fællesskab at modellere alle markører under kontrol af
   befolkningsstruktur.
 * Det estimerer varians komponent/chip-arvelighed og partitioner
   det ved forskellige SNP-funktionelle kategorier. Det bruger især HE-
   regression eller REML AI-algoritme til at estimere varianskomponenter,
   når individuelle data er tilgængelige. Det bruger MQS til at estimere
   varianskomponenter, når kun summariske statistikker er tilgængelige.

GEMMA er beregningsmæssig effektiv for GWAS i stor skala og bruger frit tilgængelige numeriske biblioteker udviklet i åben kildekode.

Other Packages Related to gemma

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, loong64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.42) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, armhf, riscv64, sparc64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) - bibliotekspakke

• dep: libopenblas0

  Optimeret BLAS-bibliotek (lineær algebra) - meta

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armhf]

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armhf]

Download gemma

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.98.5+dfsg-3	382.7 kB	1,436.0 kB	[list of files]
amd64	0.98.5+dfsg-3	436.4 kB	1,289.0 kB	[list of files]
arm64	0.98.5+dfsg-3+b1	369.2 kB	1,178.0 kB	[list of files]
armhf	0.98.5+dfsg-3	365.7 kB	856.0 kB	[list of files]
i386	0.98.5+dfsg-3	452.0 kB	1,379.0 kB	[list of files]
loong64	0.98.5+dfsg-3	400.2 kB	1,241.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.98.5+dfsg-3	419.6 kB	1,497.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.98.5+dfsg-3	427.1 kB	1,433.0 kB	[list of files]
riscv64	0.98.5+dfsg-3	416.5 kB	913.0 kB	[list of files]
s390x	0.98.5+dfsg-3	421.5 kB	1,265.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.98.5+dfsg-3	340.8 kB	2,080.0 kB	[list of files]