[ Source: rockhopper ]
Package: rockhopper (2.0.3+dfsg2-5)
Links for rockhopper
Debian Resources:
Download Source Package rockhopper:
- [rockhopper_2.0.3+dfsg2-5.dsc]
- [rockhopper_2.0.3+dfsg2.orig-debian-tests-data.tar.xz]
- [rockhopper_2.0.3+dfsg2.orig.tar.xz]
- [rockhopper_2.0.3+dfsg2-5.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [cs.wellesley.edu]
Similar packages:
System til at analysere bakterielle RNA-seq-data
Rockhopper er et omfattende og brugervenligt system for beregningsmæssig analyse af bakterielle RNA-seq-data. Rockhopper bruger RNA-sekventeringslæsninger fra sekventeringsteknologi med høj gennemløb (FASTQ, QSEQ, FASTA, SAM eller BAM). Rockhopper understøtter de følgende opgaver.
* Referencebaseret transkriptsamling (når en eller flere referencegenomer
er tilgængelige)
- sammenligning læsninger med genomer
- samling af transkripter
- identifikation af transkriptgrænser og starttranskripter såsom små
RNA'er
* De nove-transkriptsamling (når referencegenomer er utilgængelige)
* Normalisering af data fra forskellige eksperimenter
* Kvantificering af transkriptoverflod
* Test af differentielt genudtryk
* Karakterisering af operon-strukturer
* Visualisering af resultater i en genombrowser
Other Packages Related to rockhopper
|
|
|
|
-
- dep: default-jre
- Standard Java or Java compatible Runtime
-
- dep: igv
- Integrative Genomics Viewer
Download rockhopper
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| all | 585.5 kB | 653.0 kB | [list of files] |