Package: nanopolish (0.14.0-2 and others)

[ Source: nanopolish  ]

Konsensuskalder for nanopore-sekvensdata

Nanoplish bruger en skjult Markovmodel på signalniveau til konsensuskald af nanospores genomsekvensdata. Programmet kan udføre analyse på signalniveau for Oxford Nanopore-sekvensdata. Nanopolish kan beregne en forbedret konsensussekvens for en kladdegenomsamling, registrere baseændringer, kalde SNP'er og indels med respekt for et referencegenom med mere.

Other Packages Related to nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [not armhf, riscv64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3)

  HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libstreamvbyte1 (>= 0.4.1) [amd64]

  Hurtig heltalskompression i C via StreamVByte-kodningen

  dep: libstreamvbyte1 (>= 0.5.1) [not amd64]

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armhf]

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armhf]

• rec: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• rec: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• sug: make

  Redskab til at dirigere kompileringen

• sug: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

Download nanopolish

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0.14.0-2+b1	2,154.2 kB	9,655.0 kB	[list of files]
arm64	0.14.0-2+b2	2,079.2 kB	9,475.0 kB	[list of files]
armhf	0.14.0-2+b1	2,093.7 kB	9,217.0 kB	[list of files]
i386	0.14.0-2+b1	2,174.6 kB	9,729.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.14.0-2+b1	2,154.0 kB	9,795.0 kB	[list of files]
riscv64	0.14.0-2+b1	2,147.4 kB	9,307.0 kB	[list of files]