Package: any2fasta-examples (0.4.2-2)

[ Source: any2fasta  ]

Konverter diverse sekvensformater til FASTA - dataeksempler

Etablerede værktøjer som readseq og seqret fra EMBOSS, begge opretter Mangled id'er indeholdende tegnene | eller ., og der er ingen måde at rette denne opførsel. Dette medfører uoverensstemmelser mellem .gbk- og .fna-filversioner i datakanaler.

Dette skript bruger kun Perlkernemoduler, har ingen andre afhængigheder såsom Bioperl eller Biopython og afvikles virkeligt hurtigt.

Understøtter de følgende formater:

 1. Genbank flad fil, typisk .gb, .gbk, .gbff (starter med LOCUS)
 2. EMBL flad fil, typisk .embl, (starter med ID)
 3. GFF med sekvens, typisk .gff, .gff3 (starter med ##gff)
 4. FASTA DNA, typisk .fasta, .fa, .fna, .ffn (starter med >)
 5. FASTQ DNA, typisk .fastq, .fq (starter med @)
 6. CLUSTAL-sammenligninger, typisk .clw, .clu (starter med CLUSTAL
    eller MUSCLE)
 7. STOCKHOLM-sammenligninger, typisk .sth (starter med # STOCKHOLM)
 8. GFA-samlingsgraf, typisk .gfa (starter med ^[A-Z]\t)

Filer kan komprimeres med:

 1. gzip, typisk .gz
 2. bzip2, typisk .bz2
 3. zip, typisk .zip

Denne pakke indholder nogle eksempler på testdata.

Download any2fasta-examples

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	6,357.0 kB	6,373.0 kB	[list of files]