Package: ncbi-epcr (2.3.12-1-9)

[ Source: epcr  ]

Værktøj til at teste en DNA-sekvens for tilstedeværelsen af sekvensmærkede steder

Electronic PCR (e-PCR) er en beregningsmæssig procedure, som bruges til at identificere mærkede sider (STS'er) inden i DNA-sekvenser. e-PCR kigger efter potentielle STS'er i DNA-sekvenser ved at søge efter undersekvenser som tæt matcher PCR-primerne og har den korrekte rækkefølge, orientering, og plads, som kan repræsentere PCR-primerne brugt til at oprette kendte STS'er.

Den nye version af e-PCR implementerer en uafklaret (»fuzzy«) matchstrategi. For at reducere sandsynligheden for at en sand STS vil blive overset på grund af forkerte match, så kan flere adskilte ord blive brugt i stedet for et enkelt præcist ord. Hver af disse ord har grupper af signifikante positioner adskilt af »jokertegnspositioner« som ikke har krav om at matche. Derudover er det også muligt at tillade huller i primerjusteringerne.

Hovedmotivationen for at implementering af omvendt søgning (kaldt Reverse e-PCR) var at gøre det muligt at søge i den menneskelige gensekvens og andre store gensamlinger. Den nye version af e-PCR tilbyder en søgetilstand der bruger en forespørgselssekvens mod en sekvensdatabase.

Dette program er stoppet opstrøm og det foreslås at bruge Primer-Blast

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

i stedet for.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::checking, use::searching, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

Other Packages Related to ncbi-epcr

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• sug: bioperl

  Perlværktøjer til modellering af molekylær biologi

Download ncbi-epcr

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
ppc64el	167.9 kB	692.0 kB	[list of files]