Package: mapsembler2 (2.2.4+dfsg1-3)

[ Source: mapsembler2  ]

Bioinformatik målrettet programmer til samling

Mapsembler2 er et målrettet program til samling. Det bruger et datasæt af rå NGS-læsninger (fasta eller fastq, gzippet eller ej) og et datasæt af sekvenser (startere).

Det bestemmer først om hver starter er read-coherent, f.eks. om læsninger bekræfter tilstedeværelsen af hver starter i den oprindelige sekvens. For hver read-coherent-starter laver Mapsembler2 dens sekvensnaboskab som en lineær sekvens eller som en graf, afhængig af brugervalget.

Mapsembler2 kan bruges for (men ikke begrænset til):

 - Valider en samlet sekvens (inddata som starter), f.eks. fra en de
   Bruijn-grafsamling hvor read-coherence ikke blev påtvunget
 - Kontrollere om et gen (inddata som starter) har en homolog i et sæt
   af læsninger
 - Kontrollere om et kendt enzym er til stede i en metagenomisk NGS-
   læst sæt
 - Berige læsninger der ikke kan kortlægges ved at udvide dem,
   eventuelt gøre dem egnet for kortlægning
 - Kontrollere hvad der sker i ekstremiteterne af en contig
 - Fjerne forureninger eller symbiont-læsninger fra et læst sæt

Other Packages Related to mapsembler2

• dep: bc

  GNU bc beregningssprog med arbitrær præcision

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download mapsembler2

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
ppc64el	722.1 kB	1,570.0 kB	[list of files]