Package: examl (3.0.22-1 and others)

[ Source: examl  ]

Exascale Maximum Likelihood-kode (ExaML) for fylogenetisk følgeslutning

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) er en kode for fylogenetisk følgeslutning, der bruger MPI. Denne kode implementerer den populære søgealgoritme RAxML for maksimal sandsynlighedsbaseret følgeslutning for fylogenetiske træer.

ExaML er en neddroslet version af RAxML for fylogenetiske følgeslutninger på store datasæt. Programmet kan kun køre nogle meget grundlæggende funktioner og er lavet til computerkyndige brugere, som kan skrive små Perlskripter og har erfaring med at bruge køindsendelsesskripter for klynger. ExaML implementerer kun CAT- og GAMMA-modellerne for satsheterogenitet for binære data, DNA- og proteindata.

ExaML bruger en radikal ny MPI-paralleliseringsfremgangsmåde, som giver forbedret parallel effektivitet, specielt på partitionerede fler-gen eller hel-genom datasæt. Implementerer også en ny algoritme for belastningsudjævning, som giver bedre parallel effektivitet.

Koden er op til fire gange hurtigere end sin forgænger RAxML-Light og skalerer op til et større antal processorer.

Other Packages Related to examl

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - delt bibliotek

• dep: openmpi-bin

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - binære filer

Download examl

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
mipsel	3.0.22-1+b4	830.1 kB	1,822.0 kB	[list of files]