Package: sim4 (0.0.20121010-9 and others)

[ Source: sim4  ]

Nástroj pro uspořádání cDNA a genomu DNA

sim4 je nástroj založený na podobnosti sloužící k uspořádání nějak vyjádřené sekvence DNA (EST, cDNA, mRNA) s genomovou sekvencí daného genu. Také detekuje konec shody jakmile se dvě vstupní sekvence překrývají na konci jedné (např. začátek jedné sekvence překrývá konec sekvence jiné).

sim4 využívá techniky blast a pomocí ní určí základní bloky reprezentující "jádra exon". Nejprve detekuje možné přesné shody W-méru (např. slova DNA o velikosti W) mezi dvěma sekvencemi a rozšíří je na maximální skórovací segmenty bez mezer. V druhé fázi jsou exonová jádra rozšířena o sousední dosud nepostižené fragmenty pomocí hladového algoritmu uspořádání. Dál se využije heuristika, která nalezne odpovídající si páry (GT-AG, CT-AC). Je-li to nutné, proces se zopakuje na dříve nepostižených částech s méně přísnými podmínkami.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to sim4

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

Download sim4

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0.0.20121010-9	353.1 kB	1,378.0 kB	[list of files]
arm64	0.0.20121010-9+b1	348.4 kB	1,407.0 kB	[list of files]
armhf	0.0.20121010-9	344.5 kB	1,341.0 kB	[list of files]
i386	0.0.20121010-9	353.2 kB	1,381.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.0.20121010-9	357.3 kB	1,406.0 kB	[list of files]
riscv64	0.0.20121010-9	351.2 kB	1,350.0 kB	[list of files]
s390x	0.0.20121010-9	357.6 kB	1,385.0 kB	[list of files]