Package: mummer (3.23+dfsg-4)

[ Source: mummer  ]

Efektivní uspořádání sekvencí kompletních genomů

MUMmer je systém rychlého vytváření celých genomů, ať už kompletně nebo v náčrtu. Např. MUMmer 3.0 umí najít všech 20-základních párů nebo větších shod mezi páry 5-mega základních genomů během 13,7 s, přitom využije 78 MB paměti na linuxovém počítači s 2,4 GHz CPU. MUMmer umí také uspořádat částečné genomy; umí zpracovat stovky či tisíce částí projektu s nevídanou lehkostí a uspořádat je do jiné množiny či genomu pomocí programu NUCmer obsaženého v tomto systému. Pokud jsou druhy příliš odlišné, pak může program PROmer generovat uspořádání podle překladu obou vstupních sekvencí.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

Other Packages Related to mummer

• dep: gawk

  GNU awk, jazyk na zpracování textu

• dep: libc6 (>= 2.14)

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Knihovna pro překladač GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

Download mummer

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	789.6 kB	1,912.0 kB	[list of files]