Pakiet: nanopolish (0.14.0-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Inne pakiety związane z nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [nie armel, armhf, ppc64el]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1t64

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0t64 (>= 0.5.1)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armel, armhf]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf]

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  Narzędzie do zarządzania procesem kompilacji

• sug: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

Pobieranie nanopolish

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	0.14.0-1+b1	2 144,8 KiB	9 343,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.14.0-1+b1	2 073,9 KiB	9 219,0 KiB	[lista plików]
armel	0.14.0-1+b1	2 078,6 KiB	9 253,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.14.0-1+b1	2 085,1 KiB	8 861,0 KiB	[lista plików]
i386	0.14.0-1+b1	2 167,9 KiB	9 413,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.14.0-1+b1	2 105,4 KiB	9 592,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.14.0-1+b1	2 149,2 KiB	9 603,0 KiB	[lista plików]