パッケージ: mafft (7.505-1 など)

[ ソース: mafft  ]

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

タグ: 生物学: Clustal/ALN, タンパク質, 分野: field::biology, field::biology:bioinformatics, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::comparing, works-with-format::plaintext, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の mafft 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29) [alpha, ia64, riscv64, sh4 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.33) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• rec: blast2

  パッケージは利用できません

• rec: libwww-perl

  world-wide web へのシンプルで一貫性のあるインターフェース

• rec: lynx

  classic non-graphical (text-mode) web browser

• rec: ruby

  オブジェクト指向スクリプト言語 Ruby のインタプリタ (デフォルト版)

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

mafft のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	7.505-1	1,032.8 kB	15,184.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	7.505-1	1,052.5 kB	11,920.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	7.505-1	911.0 kB	12,026.0 kB	[ファイル一覧]
armel	7.505-1	916.0 kB	12,403.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	7.505-1	765.3 kB	9,139.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	7.505-1	890.5 kB	11,092.0 kB	[ファイル一覧]
i386	7.505-1	983.3 kB	13,119.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	7.505-1	1,103.2 kB	24,053.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	7.505-1	968.3 kB	10,923.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	7.505-1	873.9 kB	14,427.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	7.505-1	1,036.3 kB	16,784.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	7.505-1	1,019.2 kB	16,336.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	7.505-1+b1	1,085.5 kB	9,760.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	7.505-1	891.0 kB	13,010.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	7.505-1	879.0 kB	11,959.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	7.505-1	1,056.5 kB	33,604.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	7.505-1	1,041.3 kB	11,379.0 kB	[ファイル一覧]