Package: mafft (6.864-1 and others)

[ Source: mafft  ]

Program pro uspořádání aminokyselin a sekvencí nukleotidů

MAFFT je program pro vícenásobné sekvenční uspořádání, který provádí tři metody:

 * L-INS-i (pravděpodobně nejpřesnější; vhodná pro < 200 sekvencí;
   iterativní propracovaná metoda začlenění informací o místním
   uspořádání párů),
 * G-INS-i (vhodná pro sekvence podobných délek; vhodná pro < 200
   sekvencí; iterativní propracovaná metoda začlenění informací o
   globálním uspořádání párů),
 * E-INS-i (vhodná pro uspořádání obsahující rozsáhlé neuspořadatelné
   oblasti; doporučuje se pro < 200 sekvencí),
 a pět rychlostně-orientovaných metod:
  * FFT-NS-i (iterativní metoda; pouze dva cykly),
  * FFT-NS-i (iterativní metoda; maximálně 1000 cyklů),
  * FFT-NS-2 (rychlá; progresivní metoda),
  * FFT-NS-1 (velmi rychlá; doporučeno pro > 2000 sekvencí; progresivní
    metody s hrubým průchodem stromu),
  * NW-NS-PartTree-1 (doporučena pro ~50 000 sekvencí; progresivní metoda
    s algoritmem PartTree).

Tags: Biology: Clustal/ALN, Nucleic Acids, biology::peptidic, field::biology, Field: Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext

Other Packages Related to mafft

• dep: dpkg (>= 1.15.6)

  Systém správy balíčků Debianu

• dep: libc0.1 (>= 2.7) [kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386]

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc0.1-udeb

• dep: libc0.3 (>= 2.13-31) [hurd-i386]

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc0.3-udeb

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.13) [s390x, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.5) [avr32]

  dep: libc6 (>= 2.5-5) [m68k]

  dep: libc6 (>= 2.7) [not alpha, avr32, hppa, hurd-i386, kfreebsd-amd64, kfreebsd-i386, m68k, s390x, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

  Vestavěná knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• rec: blast2

  Základní nástroj pro vyhledávání uspořádání

• rec: lynx

  Textový WWW prohlížeč (přechodový balíček)

• rec: ruby

  Transitional package for ruby1.8
  also a virtual package provided by ruby1.8

• sug: blast2

  Základní nástroj pro vyhledávání uspořádání

• sug: lynx

  Textový WWW prohlížeč (přechodový balíček)

• sug: ruby

  Transitional package for ruby1.8
  also a virtual package provided by ruby1.8

Download mafft

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	6.864-1	700.9 kB	8,836.0 kB	[list of files]
amd64	6.864-1	780.4 kB	7,642.0 kB	[list of files]
armel	6.864-1	640.2 kB	6,985.0 kB	[list of files]
armhf	6.864-1	520.9 kB	4,841.0 kB	[list of files]
avr32 (unofficial port)	6.717-1	3,078.4 kB	5,344.0 kB	[list of files]
hppa	6.850-1	3,092.8 kB	6,588.0 kB	[list of files]
hurd-i386	6.864-1+b1	691.1 kB	6,592.0 kB	[list of files]
i386	6.864-1	694.9 kB	6,654.0 kB	[list of files]
kfreebsd-amd64	6.864-1	776.3 kB	7,591.0 kB	[list of files]
kfreebsd-i386	6.864-1	686.9 kB	6,601.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	6.240-2	1,394.8 kB	3,672.0 kB	[list of files]
mips	6.864-1	584.5 kB	7,048.0 kB	[list of files]
mipsel	6.864-1	606.5 kB	7,048.0 kB	[list of files]
powerpc	6.864-1	572.9 kB	6,531.0 kB	[list of files]
powerpcspe (unofficial port)	6.859-1	3,283.7 kB	7,096.0 kB	[list of files]
s390	6.864-1	444.7 kB	6,648.0 kB	[list of files]
s390x	6.864-1	655.1 kB	8,103.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	6.864-1	488.5 kB	6,145.0 kB	[list of files]
sparc	6.864-1	594.7 kB	6,297.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	6.864-1	586.1 kB	6,818.0 kB	[list of files]