Paquet : libbifrost-dev (1.3.1-1)

[ Paquet source : bifrost  ]

static library and header files for libbifrost

Libbifrost-dev is the development library for the command-line tool bifrost for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Autres paquets associés à libbifrost-dev

• dep: libbifrost0 (= 1.3.1-1)

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Télécharger libbifrost-dev

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	637,5 ko	5 213,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	588,8 ko	3 858,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	556,6 ko	3 837,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	727,4 ko	5 395,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	612,3 ko	4 463,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	603,5 ko	4 167,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	619,4 ko	4 138,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1 790,5 ko	18 705,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	610,5 ko	4 019,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	536,7 ko	3 889,0 ko	[liste des fichiers]