Package: idba (1.1.3-8 and others)

[ Source: idba  ]

Iterativ De Bruijn Graph De Novo-kortlæserassemblere

IDBA står for iterative de Bruijn-grafassembler. I beregningssekvensbiologi så løser en assembler puslespillet fra store sekvensmaskiner, som har mange gigabyte med korte læsninger fra et stort genom.

Denne pakke tilbyder flere varianter af IDBA-assembleren, da de alle deler det samme kildetræ men har forskellige formål og udvikler sig over tid.

IDBA er den grundlæggende iterativ de Bruijn-grafassembler for anden generations sekvenslæsninger. IDBA-UD, en udvidelse af IDBA, er designet til at udnytte parret-slut-læsninger til at samle regioner på lav dybde og bruge progressiv dybde på config'er til at reducere fejl i regioner med høj dybde. Det er en generisk formålsassembler og specielt god til enkel-celle og metagenomiske sekvensdata. IDBA-Hybrid er en anden opdateret version af IDBA-UD, som kan gør brug af et lignende referencegenmom til at forbedre assembly-resultat. IDBA-Tran er en iterativ de Bruijn-grafassembler for RNA-seq-data.

Other Packages Related to idba

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11) [not riscv64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

Download idba

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.1.3-8	637.0 kB	4,571.0 kB	[list of files]
amd64	1.1.3-8	627.6 kB	4,037.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.3-8	585.5 kB	3,797.0 kB	[list of files]
armel	1.1.3-8	565.6 kB	3,793.0 kB	[list of files]
armhf	1.1.3-8	575.0 kB	3,089.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.1.3-8	657.6 kB	4,317.0 kB	[list of files]
i386	1.1.3-8	672.0 kB	4,261.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.1.3-8	718.5 kB	6,920.0 kB	[list of files]
mips64el	1.1.3-8	644.8 kB	4,896.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.1.3-8	642.1 kB	4,821.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.3-8	652.4 kB	4,757.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.3-8+b1	635.5 kB	3,458.0 kB	[list of files]
s390x	1.1.3-8	599.5 kB	4,293.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.1.3-8	563.9 kB	5,733.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.1.3-8	623.6 kB	3,837.0 kB	[list of files]