all options
buster  ] [  bullseye  ] [  bookworm  ] [  trixie  ] [  sid  ]
[ Source: t-coffee  ]

Package: t-coffee (13.41.0.28bdc39+dfsg-4)

Links for t-coffee

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package t-coffee:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Flersekvensjustering

T-Coffee er en pakke for flersekvensjustering. Givet et sæt af sekvenser (proteiner eller DNA) opretter T-Coffee en flersekvensjustering. Version 2.00 og højere kan mikse sekvenser og strukturer.

T-Coffee tillader kombinationen af flere/parvise, globale eller lokale justeringer i en enkel model. Programmet kan også estimere konsistensniveauet for hver placering i den nye justering med resten af justeringen. Se pre-print for yderligere information.

T-Coffee har en variant kaldet M-Coffee som gør det muligt at kombinere uddata af mange flersekvensjusteringspakker. I sin udgivet version bruger den MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA og T-Coffee. En speciel version er blevet lavet for Debian, DM-Coffee, som kun bruger frie programmer ved at erstatte Clustal W med Kalign. Brug af 8 Methods for M-Coffee kan undertiden være ret tungt. Du kan bruge et undersæt af dine favoritmetoder, hvis du foretrækker dette.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to t-coffee

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download t-coffee

Download for all available architectures
Architecture Package Size Installed Size Files
amd64 979.6 kB2,689.0 kB [list of files]
arm64 879.1 kB2,589.0 kB [list of files]
armel 829.9 kB2,504.0 kB [list of files]
armhf 853.7 kB1,912.0 kB [list of files]
i386 998.4 kB3,032.0 kB [list of files]
mips64el 950.4 kB3,335.0 kB [list of files]
mipsel 935.9 kB3,234.0 kB [list of files]
ppc64el 1,031.5 kB3,341.0 kB [list of files]
s390x 898.0 kB2,949.0 kB [list of files]