Пакет: sga (0.10.15-7 и други)

[ Източник: sga  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Други пакети, свързани с sga

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64el]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-ruffus

  Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  compression library - runtime

• rec: abyss

  de novo, parallel, sequence assembler for short reads

Изтегляне на sga

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	0.10.15-7+b1	812,5 кБ	2 432,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	0.10.15-7+b1	580,5 кБ	1 792,0 кБ	[списък на файловете]
armel	0.10.15-7+b1	564,3 кБ	1 727,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	0.10.15-7+b1	582,9 кБ	1 279,0 кБ	[списък на файловете]
i386	0.10.15-7+b1	876,3 кБ	2 607,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	0.10.15-7+b1	745,3 кБ	3 062,0 кБ	[списък на файловете]
mipsel	0.10.15-7+b1	773,8 кБ	2 910,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	0.10.15-7+b1	692,6 кБ	2 304,0 кБ	[списък на файловете]