套件：physamp（1.1.0-5）

[ 原始碼： physamp  ]

sample sequence alignment corresponding to phylogeny

The PhySamp package currently contains two programs: bppphysamp, which samples sequences according to their similarity, and bppalnoptim, which samples a sequence alignment by removing sequences in order to maximize the number of sites suitable for a given analysis. The bppalnoptim program has three running modes:

 * Interactive: the user will be iteratively proposed a set of choices
   for sequence removal, with their corresponding site gains. The
   procedure stops when the user does not want to remove more sequences,
   and the resulting filtered alignment is written.
 * Automatic: the user enters an a priori criterion for stopping
   the filtering procedure (for instance a minimum number of
   sequences to keep).
 * Diagnostic: this mode allows one to plot the trade-off curve, by
   showing the site gain as a function of the number of removed
   sequences.

其他與 physamp 有關的套件

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Core library

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Phylogenetic library

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  Bio++ Sequence library

• dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, ia64, sh4]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 支援函式庫

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

下載 physamp

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	181。2 kB	1，893。0 kB	[檔案列表]
amd64	182。3 kB	1，774。0 kB	[檔案列表]
arm64	175。9 kB	1，826。0 kB	[檔案列表]
armel	169。6 kB	1，724。0 kB	[檔案列表]
armhf	170。5 kB	1，660。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	186。0 kB	1，807。0 kB	[檔案列表]
i386	185。3 kB	1，768。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	193。3 kB	1，996。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	178。1 kB	1，752。0 kB	[檔案列表]
mips64el	177。9 kB	1，912。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	187。3 kB	1，954。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	186。1 kB	1，890。0 kB	[檔案列表]
riscv64	182。1 kB	1，714。0 kB	[檔案列表]
s390x	181。0 kB	1，790。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	188。5 kB	1，826。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	170。3 kB	3，497。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	180。4 kB	1，740。0 kB	[檔案列表]