套件：cufflinks（2.2.1+dfsg.1-9 以及其他的） [non-free]

[ 原始碼： cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e. compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and gtf_to_sam.

標籤: 生物學: 核酸, 領域: 生物學, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 角色: 程式, 處理: Biological Sequence

其他與 cufflinks 有關的套件

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0) [amd64, armel, armhf]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 4.1) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

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• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  套件暫時不可用

下載 cufflinks

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
amd64	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1，515。8 kB	10，573。0 kB	[檔案列表]
arm64	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1，406。4 kB	10，471。0 kB	[檔案列表]
armel	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1，246。6 kB	9，506。0 kB	[檔案列表]
armhf	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1，138。5 kB	6，422。0 kB	[檔案列表]
i386	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1，538。5 kB	10，692。0 kB	[檔案列表]
mips64el	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1，559。0 kB	15，287。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1，519。6 kB	13，479。0 kB	[檔案列表]
riscv64	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1，512。8 kB	8，543。0 kB	[檔案列表]
s390x	2.2.1+dfsg.1-9+b1	1，464。1 kB	11，663。0 kB	[檔案列表]