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软件包:ggd-utils(1.0.0+ds-1 以及其他的)

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programs for use in ggd

Takes a genome file and (currently) a .vcf.gz or a .bed.gz and checks that:

    * a .tbi is present
    * the VCF has ""##fileformat=VCF" as the first
    line
    * the VCF has a #CHROM header
    * the chromosome are in the order specified by
    the genome file (and present)
    * the positions are sorted
    * the positions are <= the chromosome lengths
    defined in the genome file.

As a result, any new genome going into GGD will have a .genome file that will dictate the sort order and presence or absence of the 'chr' prefix for chromosomes

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ppc64el 1.0.0+ds-1+b9 1,584.2 kB5,163.0 kB [文件列表]
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sparc64 (非官方移植版) 1.0.0+ds-1+b8 187.8 kB1,274.0 kB [文件列表]
x32 (非官方移植版) 1.0.0+ds-1+b9 199.3 kB716.0 kB [文件列表]