Пакунок: ragout (2.3-5)

[ Source: ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly (as a set of scaffolds).

The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.

Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is currently limited.

Інші пакунки пов'язані з ragout

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-six

  Python 2 and 3 compatibility library

• rec: sibelia

  comparative genomics tool

Завантажити ragout

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	2,068.7 kB	9,728.0 kB	[список файлів]
amd64	2,072.9 kB	9,659.0 kB	[список файлів]
arm64	2,063.0 kB	9,663.0 kB	[список файлів]
armel	2,063.8 kB	9,629.0 kB	[список файлів]
armhf	2,066.9 kB	9,585.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	2,076.1 kB	9,640.0 kB	[список файлів]
i386	2,085.3 kB	9,673.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	2,090.9 kB	9,805.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	2,074.2 kB	9,645.0 kB	[список файлів]
mips64el	2,072.5 kB	9,801.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	2,078.8 kB	9,791.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2,077.4 kB	9,791.0 kB	[список файлів]
riscv64	2,072.2 kB	9,607.0 kB	[список файлів]
s390x	2,075.7 kB	9,683.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	2,086.8 kB	9,661.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	2,064.6 kB	11,523.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	2,072.7 kB	9,641.0 kB	[список файлів]