Пакунок: kissplice (2.6.2-3 and others)

[ Source: kissplice  ]

Detection of various kinds of polymorphisms in RNA-seq data

KisSplice is a piece of software that enables the analysis of RNA-seq data with or without a reference genome. It is an exact local transcriptome assembler that allows one to identify SNPs, indels and alternative splicing events. It can deal with an arbitrary number of biological conditions, and will quantify each variant in each condition. It has been tested on Illumina datasets of up to 1G reads. Its memory consumption is around 5Gb for 100M reads.

Інші пакунки пов'язані з kissplice

• dep: bcalm [not alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  de Bruijn compaction in low memory

• dep: libc6 (>= 2.11) [hppa]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgcc1 (>= 1:4.1.1) [alpha]

  Пакунок недоступний

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2.1) [sh4]

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Пакунок недоступний

• dep: libgcc4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Пакунок недоступний

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [not alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not alpha, hppa, m68k, sh4, x32]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 4.6) [hppa, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 4.9) [alpha, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: python [alpha, hppa, m68k, sh4]

  Пакунок недоступний

• dep: python3 [not alpha, hppa, m68k, sh4]

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not alpha, hppa, m68k, sh4]

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [alpha, hppa, m68k, sh4]

Завантажити kissplice

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	2.2.1-1	596.7 kB	1,376.0 kB	[список файлів]
amd64	2.6.2-3	488.0 kB	1,211.0 kB	[список файлів]
arm64	2.6.2-3	474.5 kB	1,371.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	2.1.0-1	1,289.9 kB	2,181.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	2.6.2-3	506.4 kB	1,581.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	2.2.1-1	555.8 kB	1,120.0 kB	[список файлів]
mips64el	2.6.2-3	481.0 kB	1,467.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	2.6.2-3	490.5 kB	1,499.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2.6.2-3	491.5 kB	1,435.0 kB	[список файлів]
riscv64	2.6.2-3	484.2 kB	1,059.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	2.1.0-1	1,282.1 kB	2,090.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	2.6.2-3	467.2 kB	7,784.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	2.5.3-1	4,035.5 kB	15,302.0 kB	[список файлів]