Пакунок: discosnp (1:2.6.2-3 and others)
Links for discosnp
Debian Resources:
Download Source Package discosnp:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [colibread.inria.fr]
Similar packages:
discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads
Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).
Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.
The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:
1) its mean read coverage 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.
This program is superseded by DiscoSnp++.
Інші пакунки пов'язані з discosnp
|
|
|
|
-
- dep: bc [m68k, sh4]
- Алгебраїчна мова GNU bc з довільною точністю обчислень
-
- dep: gatb-core [not m68k, sh4]
- Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph
-
- dep: libc6 (>= 2.24) [sh4]
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.29) [hppa]
- dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4]
- dep: libc6 (>= 2.4) [m68k]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2) [amd64]
- dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg) [not amd64, m68k, sh4]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not hppa, ia64, m68k, sh4]
- Допоміжна бібліотека GCC
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- Допоміжна бібліотека GCC
-
- dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [sh4]
- Пакунок недоступний
-
- dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]
- Пакунок недоступний
-
- dep: libhdf5-103-1 [hppa]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libhdf5-103-1t64 [not hppa, m68k, sh4]
- HDF5 C runtime files - serial version
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]
- Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa, m68k, sh4]
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sh4]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- dep: python [m68k, sh4]
- Пакунок недоступний
-
- dep: python3 [not m68k, sh4]
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4) [m68k, sh4]
- Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.6) [not m68k, sh4]
Завантажити discosnp
Архітектура | Версія | Розмір пакунка | Розмір після встановлення | Файли |
---|---|---|---|---|
alpha (unofficial port) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,407.7 kB | 3,063.0 kB | [список файлів] |
amd64 | 1:2.6.2-3+b1 | 1,421.7 kB | 2,904.0 kB | [список файлів] |
arm64 | 1:2.6.2-3+b1 | 1,407.9 kB | 3,060.0 kB | [список файлів] |
hppa (unofficial port) | 1:2.6.2-1 | 1,416.6 kB | 2,789.0 kB | [список файлів] |
ia64 (unofficial port) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,435.4 kB | 3,315.0 kB | [список файлів] |
m68k (unofficial port) | 1.2.6-2 | 121.2 kB | 299.0 kB | [список файлів] |
mips64el | 1:2.6.2-3+b1 | 1,401.1 kB | 3,121.0 kB | [список файлів] |
ppc64 (unofficial port) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,425.6 kB | 3,263.0 kB | [список файлів] |
ppc64el | 1:2.6.2-3+b1 | 1,426.6 kB | 3,124.0 kB | [список файлів] |
riscv64 | 1:2.6.2-3+b1 | 1,414.9 kB | 2,772.0 kB | [список файлів] |
sh4 (unofficial port) | 1.2.6-2 | 148.7 kB | 299.0 kB | [список файлів] |
sparc64 (unofficial port) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,394.9 kB | 7,048.0 kB | [список файлів] |
x32 (unofficial port) | 1:2.6.2-3+b1 | 1,405.4 kB | 2,686.0 kB | [список файлів] |